氮肥是利用滴灌系统施用较多的肥料。氮肥通常水溶性好，十分容易随着灌溉水滴入泥土而施入到作物根区。但如果节制不当，也很容易产生淋洗丧失。因为滴灌流量小（单滴头：4-8升／小时），节制淋洗损头十分容易做到。如果灌溉，施肥均履行主动节制，则淋洗损头可完全避免。
　　在所有氮肥中，尿素及硝酸胺较适宜于滴灌施肥。因为施用这两种肥料的堵塞风险较小，氨水通常不推荐滴灌施肥，因为氨水会增长水的PH值。PH值的增长会导致钙、镁、磷在灌溉水中积淀，堵塞滴头。硫酸胺及硝酸钙是水溶性的，但也有堵塞风险。
　　如果延续施氮，灌溉系统停泵后，灌溉系统中水中仍长期会有氮，这时，氮的存在会滋养微生物在系统中生长，最后堵塞滴头。