一、我国设施灌溉技术的推广应用还处于起步阶段。设施灌溉面积不足总灌溉面积的3％，与经济发达国家相比存在巨大差异，在设施灌溉的有限面积中，大部分没有考虑通过灌溉系统施肥。即使在最适宜用灌溉施肥技术的设施栽培中，灌溉施肥面积也仅占20％左右。水肥一体化技术的经济和社会效益尚未得到足够重视。另外，多数种植者对水肥一体化灌溉施肥技术存在认识上的偏差。目前，多数种植业者或管理人员对滴灌等灌溉形式的认识还停留在原有基础上，如由于设计不合理、管理不善等引起的滴头堵塞等问题，进而对水肥一体化技术本身加以否定；再有就是在他们的潜意识中，滴灌是将灌溉水一滴一滴滴下去，灌水量太少，根本满足不了作物生长的需要；对国外技术的过分依赖，认为只有使用国外的产品、让国外的技术人员来进行规划、设计、安装才是可行的，从而无形之中增加了水肥一体化技术的应用成本和推广难度。
　　二、灌溉技术与施肥技术脱离。由于管理体制所造成的水利与农业部门的分割，使技术推广中灌溉技术与施肥技术脱离，缺乏行业间的协作和交流。懂灌溉的不懂农艺、不懂施肥，而懂得施肥的又不懂灌溉设计和应用。目前，灌溉施肥面积仅占微灌总面积的30%，远远落后于先进国家（以色列为90%，美国为65%）。我国微灌工程首部有相当部分都设计有施肥配置，但大部分闲置不用。专家的调查表明，主要是设计者不懂得如何施肥（如施肥量和肥料浓度的确定），又害怕承担责任（万一肥浓度过高将作物烧死要赔偿），导致多数用户仍然沿用传统的人工施肥方法，灌溉系统效益没有得到充分发挥。即便是在有些示范园区，虽然安装了先进的施肥装备，如成套施肥机等，但因所选择肥料与之并不匹配，也难以体现水肥一体化技术的应有价值。与此同时，结合中国国情的灌溉与施肥结合的综合应用技术的研究也严重不足。这就使得广大用户一方面在到处寻找先进的技术和管理模式，另一方面摆在眼前的技术又不知如何合理应用，阻碍生产的发展。
　　三、灌溉施肥工程管理水平低。目前我国节水农业中存在“重硬件（设备）、轻软件（管理）”问题。特别是政府投资的节水示范项目，花很大代价购买先进设备，但建好后由于缺乏科学管理或权责利不明而不能发挥应有示范作用。灌溉制度和施肥方案的执行受人为因素影响巨大，除了装备先进的大型温室和科技示范园外，大部分的灌溉施肥工程并没有采用科学方法对土壤水分和养分含量、作物营养状况实施即时监测，多数情况下还是依据人为经验进行管理，特别是施肥方面存在很大的随意性。系统操作不规范，设备保养差，运行年限短。
　　四、水肥一体化设备生产技术装备落后，针对性设备和产品的研究和开发不足。我国微灌设备目前依然存在微灌设备产品品种及规格少、材质差、加工粗糙、品位低等问题。其主要原因是设备研究与生产企业联系不紧密，企业生产规模小，专业化程度低。特别是施肥及配套设备产品品种规格少，形式比较单一，技术含量低；大型过滤器、大容积施肥罐、精密施肥设备等开发不足。
　　五、灌溉施肥研究和技术培训不足。目前，在中国大部分农业大学尚未设置水肥一体化方面的专门课程，农业技术推广部门也缺乏专业推广队伍。在研究方面人力物力投入少，对农业技术推广人员和农民缺乏灌溉施肥专门知识培训，同时也缺乏通俗易懂的教材、宣传资料等。
　　六、缺乏综合型专门技术人才。灌溉施肥技术涉及农田水利、灌溉工程、作物、土壤、肥料等多门学科，需要综合知识，应用性很强。但我国目前有这些基础知识的综合性人才奇缺，现有的农业从业人员（包括管理人员、农技人员及农民）的专业背景又存在较大差异，即使有部分人士意识到水肥一体化技术的重要性，但到哪里去寻找技术援助仍是一大问题。如一些研究单位或灌溉公司的农业工程技术人员可以设计单纯的灌溉系统，但对施肥部分不熟悉，也就不能使灌溉施肥系统真正发挥其应有的作用。
　　七、由于技术问题的疏漏所导致的负效应影响了普及推广。灌溉施肥技术相对较复杂，在某些示范项目实施中，由于系统设计、设备选用、过滤、以及肥料施用等问题，造成了灌溉施肥系统效益低甚至失败，给推广带来阻力。如有的设计不合理，大量消耗电力；有的管理不善，没有很好地发挥过滤系统的作用，造成滴头堵塞最终使系统报废。过量灌溉导致肥料淋失，结果作物长势差、叶发黄。
　　八、缺少专业公司的参与。虽然在设备生产上我国己达到先进水平，国产设备可以满足市场需要，但技术服务公司非常少，而在水肥一体化技术普及的国家，则有许多公司提供灌溉施肥技术服务。水肥一体化技术是一项综合管理技术，它不仅需要有专业公司负责规划、设计、安装，还需要有相关的技术培训、专用肥料的供应、农化服务等。如在实践过程中，有用户在施用氯化钾的同时施用硫酸镁，结果很快形成微溶于水的硫酸钾，久而久之便造成过滤器、滴头的堵塞，影响系统的正常工作。同时，我国的灌溉设备企业主要集中在长江以北，而华南地区在农业方面比较专业的灌溉设备公司则很少，因此，辖区内灌溉施肥设备的选择要么主要从北方购买，要么依赖进口，这无形之中增加了高额的运输费用，进而增加系统的投资成本。
　　九、灌溉施肥技术的成本较高，而农产品价格偏低，这是目前技术推广的最大障碍。农业生产本身也是一项经济活动。一项技术再好，如果用户不能产生经济效益也无法推广开去。目前，我国绝大部分的农用水是不收费或很低收费，因此，从节水角度鼓励农民使用节水灌溉收效不大，绝大部分是从节肥省工高效来考虑。但目前较高的成本使他们犹豫再三，不敢尝试。